Suspeito que você encontrou um bug - ou talvez uma limitação intencional (por exemplo, talvez haja um limite de tempo para manter uma pesquisa com muitas correspondências interrompidas pelo kate).
Parece ser removido em versões posteriores, no entanto; Eu usei 17.08.3 com um arquivo:
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com isso repetido por 32.768 linhas. Kate 17.08.3 "Find All" encontrado 393.216 jogos, que é todos eles. Duplicando as linhas novamente, encontrou 786.432.
Sugiro usar uma das ferramentas de processamento de texto de linha de comando (por exemplo, grep / sed / awk ou Perl).