Execute gksu-properties e defina "Modo de captura" para desativar, agora seu atalho deve funcionar.
Alternativamente:
Adicione um pouco de atraso às suas combinações de teclas e pressione-o antes de executar gksudo , por exemplo, usando scrot você pode executar algo como:
scrot -d 5 FILE_NAME
-
-d 55 segunda oferta