Algumas razões:
Você precisa ter um sistema de arquivos para colocar o kernel antes de poder instalar o gerenciador de inicialização (o LILO não se preocupa com sistemas de arquivos, portanto tecnicamente você poderia passar sem isso, mas é difícil atualizar o kernel). Por isso, não pode ser o primeiro passo e, dependendo da configuração do disco + fs, os passos anteriores podem demorar muito tempo.
Você quer que o kernel venha de um pacote, então faz sentido instalá-lo junto com outros pacotes.
Até que você saiba que todas as outras partes da instalação foram bem, você não pode decidir se faz sentido fazer com que a nova instalação seja o padrão no gerenciador de inicialização, portanto, se houver outros sistemas instalados, o gerenciador de inicialização precisará adivinhar (ou faça algumas perguntas potencialmente confusas) que não serão sobrescritas posteriormente no processo, e que devem ser o padrão e talvez revisitar isso mais tarde, durante a instalação.