Você pode verificar a classe do seu xterm usando xprop . Você deveria ver algo como
$ xprop
...
WM_CLASS(STRING) = "xterm", "XTerm"
No seu caso, configurações mais específicas (menos curingas) parecem funcionar, menos configurações específicas (curingas ou nome de classe em vez de nome de instância) não funcionam. Isso é uma dica de que há em algum lugar declarações que xterm usa, por exemplo,
xterm*faceName: blah
que substituem suas declarações menos específicas, mas são substituídas por suas declarações mais específicas.
Não sei ao certo onde xterm define seus recursos Xrm , mas as propriedades da janela raiz gerenciadas por xrdb são apenas uma dessas fontes. Então, se incomoda você não poder usar declarações menos específicas, você precisa encontrar essas outras declarações em seu sistema e removê-las.
Editar : Em meus sistemas Debian, recursos específicos de aplicativos parecem estar em /etc/X11/app-defaults .