Você precisa especificar uma versão do pacote, não a versão do software upstream:
apt-get install git=2.9.3-1
Você também precisa ter certeza de que os repositórios de pacotes que você está usando realmente contêm a versão que você está procurando. Se você está usando Debian para suas imagens de base, você pode encontrar o repositório snapshot apropriado:
deb http://snapshot.debian.org/archive/debian/20160817T042105Z/ sid main
(baseado nos instantâneos disponíveis de git 2.9.3-1 ) .