Tente Fox .
A partir da descrição:
FOX is a program for the ab initio structure determination from powder diffraction (neutrons, X-Ray).
Existem vários outros para processamento e visualização de xtalogografia, que são os primeiros que consegui encontrar.
Eu recomendo que você também consulte o Debian Science Blend - listas de pacotes relacionados a ciências e pesquisas já empacotados para o debian, em andamento para ser empacotado, e alguns não empacotados para o debian. As seções de Química e Física em Nanoescala provavelmente serão de maior interesse para você, mas também há muitos softwares úteis em outras seções.
Outras distros também terão páginas de pacotes científicos semelhantes, que valerão a pena serem vistas. Scientific Linux em particular.