Talvez porque o Windows mostre tamanhos de arquivo em kbs, mbs, gbs, ... Enquanto o linux os mostra em kibs, mibs, gibs ...?
Um kb é de 1000 bytes, enquanto um kib é de 1024 bytes e um mib de 1024 kibs.
Outro possível motivo é provavelmente metadados.
No entanto, não tenho certeza, porque ambos os motivos sugerem tamanhos de arquivo menores no Linux do que no Windows.
Claro que o problema pode ser o tamanho mínimo do bloco de dados (se você tiver blocos de dados de 4kib e um arquivo de 1kib, será necessário 4kib de espaço no disco). No entanto, não acho que isso deve afetar o tamanho do arquivo mostrado ou que isso importaria muito em arquivos grandes.