O script /etc/profile normalmente origina arquivos em /etc/profile.d que estão terminando em .sh e não cuida das subpastas.
Portanto, você teria que vincular todos os arquivos .sh de seu diretório /usr/manual/profile.d ou escrever um wrapper que esteja dentro de /etc/profile.d , que cuida dos seus próprios .sh arquivos em /usr/manual/profile.d . Enquanto pensamos sobre isso, o último pode ser o mais elegante.