É para isso que awk
:
awk '{for(i=100;i<=NF;i+=100){printf "%s ",$i;} print ""}' file > output
Ou, se você pode ter espaços dentro de seus campos, especifique a guia como o separador de campo:
awk -F'\t' '{for(i=100;i<=NF;i+=100){printf "%s ",$i;} print ""}' file > output
Como alternativa, você pode usar o Perl:
perl -ane 'for($i=99;$i<=$#F;$i+=100){print "$F[$i] "}' file > output
Para fazer isso com vários arquivos, você pode usar um loop de shell (supondo que você queira executar isso em todos os arquivos no diretório atual):
for f in *; do
awk '{for(i=100;i<=NF;i+=100){printf "%s ",$i;} print ""}' "$f" > "$f".new;
done