md5sum
não terá diretório como entrada, no entanto
tar cf - FOO | md5sum
irá verificar se um arquivo é alterado em qualquer lugar dentro do FOO, a soma de verificação mudará, mas você não terá qualquer indício de qual arquivo. A soma de verificação também será alterada se algum metadado do arquivo for alterado (permissões, timestamps,…).
Você pode considerar o uso de:
find FOO -type f -exec md5sum {} \; > FOO.md5
que irá md5 cada arquivo individualmente, e salva o resultado em FOO.md5. Isso facilita a verificação de qual arquivo foi alterado. Essa variante depende apenas do conteúdo do arquivo, não dos metadados.