A maior parte da sua configuração é armazenada em /etc e em arquivos no seu diretório pessoal. Portanto, se você fizer o backup de /etc e /home (o que é uma boa ideia mesmo assim), você terá tudo o que precisa para restaurar suas configurações após a reinstalação.
O resto da sua configuração está em /var , mas no Ubuntu essa configuração está relacionada a quais pacotes estão instalados; Se você quiser reproduzir, é melhor executar dpkg --get-selections e armazenar a saída em algum lugar seguro. Você provavelmente também deseja executar apt-mark showauto e armazenar sua saída.
Se o seu sistema tiver uma partição ou volume separado para /home , você pode se poupar algum tempo reinstalando-o sem formatar /home .
Ao restaurar, siga as instruções no link para restaurar as seleções dpkg e, em seguida, execute apt-mark auto $(< auto.backup) para restaurar as marcas do pacote apt (em que auto.backup é o arquivo criado anteriormente com apt-mark showauto ). Você não deve sobrescrever /etc com seu backup, mas compare a nova versão com seu backup e aplique as alterações necessárias: alguns arquivos terão sido alterados na atualização e você não deseja sobrescrevê-los ...