Como baixar muitos documentos no terminal de um servidor?

Question

Eu tenho que escrever um script bash (.sh) com menos de 300 caracteres que baixa todos os genomas 22 neste servidor ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/ (aqueles com extensão fa.gz) e os extrai. Meu primeiro foi apenas para escrever %código% mas eu não posso fazer isso para os 22 arquivos. O que eu descobri é que todos os arquivos têm o mesmo nome, exceto o número ao lado de CHM e chr. Por exemplo, o décimo genoma é ftp://ftp.ncbi.nih.gov/ genomas / Homo_sapiens / CHR_10 / hs_alt_CHM1_1.1_chr10.fa.gz Eu acho que eu tenho que fazer algum tipo de código de recursão, mas eu não sou muito experiente com bash, então qualquer ajuda é muito apreciada. Obrigada!

    

Answer 1

Um simples loop deve ser suficiente:

for i in {1..22}
do
    wget "ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/CHR_${i}/hs_alt_CHM1_1.1_chr${i}.fa.gz"
    gunzip "hs_alt_CHM1_1.1_chr${i}.fa.gz"
done

O índice de loop não precisa ser apenas números, você também pode obter os arquivos MT , Un , X e Y , com:

for i in {1..22} MT Un X Y

Como o primeiro conjunto de números precisa ser preenchido com zero, você pode usar printf para isso:

Ou:

firsti="$(printf "%02d" $i)"
wget "ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/CHR_${firsti}/hs_alt_CHM1_1.1_chr${i}.fa.gz"

Você pode executar um teste para cada loop, mas é mais simples mover os caracteres ( MT Un X Y ) para um loop separado usando o original wget .