O enorme repo está em /etc/.git. Se você não precisa manter esse histórico, pode simplesmente excluir esse repositório git inteiramente pelos seguintes métodos:
1) Exclua o diretório .git manualmente com 'rm -rf .git' - Eu consideraria isso uma opção de falta de espaço na emergência. Eu não sei se o freak do etckeeper ou o que, mas isso definitivamente consertará a situação. Referência do Stackoverflow: link
2) A outra opção é fazer a mesma coisa usando o próprio etckeeper . Do site do etckeeper:
"Is the history recorded in that repository something you need to
preserve, or can you afford to just blow it away and check the current
/etc into the new VCS?
In the latter case, you just need to follow three steps:
etckeeper uninit # deletes /etc/.git!
vim /etc/etckeeper/etckeeper.conf
etckeeper init
Referência: link
Você não precisa alterar o VCS editando o arquivo etckeeper.conf. Se você deixar o etckeeper VCS sozinho e fizer o "etckeeper init", ele apenas iniciará um novo repositório usando o git com o estado atual do diretório / etc.
Aqui está outra referência do Turnkey Linux:
etckeeper has HUGE .git repo, how to remove???
Resposta aceita pelos mantenedores: "Executar: etckeeper uninit -f; etckeeper init"
Eu estava ficando sem espaço. Acabei de fazer o passo acima e apaguei 15 GB de histórico desnecessário. Eu acho que o etckeeper é ótimo para monitorar o diretório / etc continuamente, mas eu não preciso de 2 anos de história.