Infelizmente, essas são suas opções:
- Diretório inicial do usuário
- / etc
- Algum outro local designado no sistema
Não há lugar mágico onde você pode salvar seus dados, onde eles estarão imunes a um possível ataque. É por isso que deve seguir boas práticas de segurança em toda a máquina e fazer uso de um firewall e não instalar software que não tenha sido devidamente verificado antes.
Houve muito poucos vírus em comparação com o Windows e o OSX, em parte devido ao design no Unix / Linux e em parte devido a essas implementações menores do SO.