Você deve ser capaz de usar o comando xrandr
para configurar qual dispositivo é o principal, etc. Veja este artigo na wiki intitulado: Xrandr no wiki do Gentoo por vários exemplos.
Exemplos
$ xrandr --output LVDS --mode 1024x768
$ xrandr --output DVI-0 --auto --left-of LVDS
$ xrandr --output LVDS --primary
Veja a página man do xrandr
para saber mais sobre como usá-lo.