Você pode usar -i device e -o device para corresponder aos dispositivos ethernet. Por exemplo,
iptables -P INPUT DROP
iptables -A INPUT -i lo -j ACCEPT # must allow machine to talk to itself, else much breakage.
iptables -A INPUT -i eth0 -j ACCEPT
iptables -A INPUT -i eth1 -p tcp --dport 22 -j ACCEPT
iptables -A INPUT -i eth1 -p icmp --icmp-type echo-request -j ACCEPT
iptables -A INPUT -m state --state RELATED,ESTABLISHED -j ACCEPT
Ou similar. Você também pode usar -s / -d para filtrar o endereço IP de origem e destino.
Sugiro nomear suas interfaces Ethernet para que você possa ter -i lan & -i wan em vez disso. Você pode nomeá-los em suas regras do udev. No Debian, você editaria /etc/udev/rules.d/70-persistent-net.rules .
PS: Ao filtrar sua interface WAN, verifique se o DHCP ainda funciona, se você estiver usando. Senão sua conexão irá misteriosamente quebrar quando a concessão expirar, o que pode demorar um pouco mais tarde.