Encontre a linha "natural-hpadding" em (/usr/share/gnome-shell/theme/gnome-shell.css) e substitua 12 px pelo valor desejado:
.panel-button {
-natural-hpadding: 5px;
-minimum-hpadding: 6px;
font-weight: bold;
color: #ccc;
transition-duration: 100ms;
}
Para mais informações e dicas, consulte: link (seção 2g)