O .gvfs é criado pelo GVfs no GNOME. Observando a página da Wikipedia , você pode descobrir que GVfs (abreviação de sistema de arquivos virtual do GNOME) é o sistema de arquivos virtual do espaço de usuário do GNOME projetado para trabalhar com a abstração de E / S do GIO.
A situação mais provável com relação ao seu problema é que algum programa do Gnome ainda é executado em segundo plano com o ID do usuário que você deseja excluir. Eu experimentei o mesmo problema também.
A solução é matar todos os programas associados a esse id de usuário. A partir do shell, você pode verificar se algum programa está sendo executado com esse id de usuário antes de terminá-los digitando
ps -U username
Você pode terminar (matar) esses programas usando o comando sempre do shell
sudo pkill -u USERID
onde você pode encontrar o ID do usuário, por exemplo,
id -u username
Depois disso, deve ser possível remover o diretório pessoal do usuário por
rm -r /home/username