Infelizmente, isso pode não ser seguro quando o sistema de arquivos do qual você está fazendo o backup está montado. Considere tal situação:
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Seu backup está concluído pela metade (ou seja, a primeira metade da partição já está gravada no arquivo de backup.
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Agora você (ou algum programa) faz uma cópia de um arquivo que está localizado na outra metade da partição. O sistema de arquivos não sabe nada sobre o processo de backup, mas ele decide que ainda resta algum espaço no início da partição e é aí que a cópia do arquivo é feita. Obviamente, seu backup não conterá este arquivo.
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Agora, como você acha que tem uma cópia desse arquivo, decide que não precisa do arquivo original e o exclui. E logo depois disso, o processo de backup chega ao local onde esse arquivo estava e grava informações no arquivo de backup que o arquivo foi excluído.
Como você pode esperar, você acaba sem nenhuma cópia desse arquivo em seu backup. Isso é apenas um exemplo e não é a pior coisa que poderia acontecer.