Eu alterei o ID de um usuário e o ID do grupo principal, o que quebrou as permissões.
Para um usuário user
com um grupo principal de user
, veja as permissões na pasta em questão:
-rw-r----- 1 root 500 671 Oct 4 05:48 user
Como eu modifiquei o ID do grupo, ele não foi atualizado aqui, o que quebrou as permissões.
Eu simplesmente fiz chown -R root:user /var/cpanel/users/user
para corrigir o problema.