Não tenho certeza se essa é a maneira correta de fazer isso, mas funcionou para mim:
Certifique-se de que /usr/share/applications/conkeror.desktop
contenha algo como o seguinte:
MimeType=text/html;text/xml;application/xhtml_xml;x-scheme-handler/http;x-scheme-handler/https;
execute
$ sudo update-desktop-database
e, finalmente, vá para Configurações do sistema - > Informações do sistema - > Aplicativos padrão. Verifique os aplicativos disponíveis para "Web" - Conkeror deve ser listado.