De certa forma sim: Você será capaz de mudar de todas as novas coisas e usar os painéis gnome como você fez com o Gnome 2. Neste modo, não deve ser muito difícil substituir o WM.
No entanto, no modo fantasia, você só poderá usar o Mutter aka Metacity 3.
O Gnome 3 é muito diferente, usa muitos e muitos efeitos compostos para fornecer a sobreposição, animações e um novo conceito de espaço de trabalho.