Lendo sua descrição, vejo que você não fez uma coisa importante na fase de configuração: make oldconfig depois de copiar o arquivo .config , mas antes de fazer make menuconfig (BTW, se a configuração for salva em .config arquivo no diretório de fontes, você não precisa carregá-lo explicitamente - isso é feito por padrão). Isso é necessário em todos os casos em que a nova versão do kernel é pelo menos um pouco diferente daquela em que .config veio.
Não tenho certeza sobre o seu método de criação initramfs - o único que usei foi o genkernel . Mas para determinar se o initramfs é o culpado, você pode apenas modificar a entrada do grub para apontar para o antigo arquivo initramfs (aquele usado pelo seu sistema atual). Além disso, quando o sistema está inicializando, muitas vezes você pode pressionar F1 para ver as mensagens de inicialização (pode ser necessário remover primeiro quiet da entrada do menu do carregador de inicialização).
Editar:
Apenas um pensamento: pode haver um problema com a entrada do menu grub (encontrado em /boot/grub/grub.cfg ou /boot/grub/grub.conf ) - compare o antigo e o novo, talvez os parâmetros do kernel estejam errados (como errado real_root ). Simplesmente falando, as linhas após kernel devem ser as mesmas para além da localização do kernel e do initrd.