Qual distro você está usando? O BTRFS ainda é muito recente, por isso ajuda ter uma implementação recente dele.
Este poderia ser um problema no disco? O disco faz algum ruído incomum? Poderia ser um problema no computador? O computador que você está usando também está em outras ocasiões? O que dmesg diz?
Tente usar ionice ao copiar o arquivo, para diminuir a velocidade do io. Pode ajudar.
Além disso, vale a pena investigar um programador io diferente .