O problema é que você está tentando instalar o php5-dev a partir do squeeze ao invés do lenny. A versão lenny do php5-dev não depende de nenhuma versão particular da libtool ou do autoconf como a versão squeeze faz. Se eu fosse adivinhar como você entrou nessa situação, eu acho que você entrou nisso porque você agora ou em algum momento tinha "apertado" na sua sources.list e instalado algumas coisas, ou talvez você estivesse referenciando "stable" em vez de "lenny" ou "squeeze" no seu sources.list e agora você pode estar executando algum mix de lenny no squeeze. apt-cache policy php5-dev
deve dizer de onde você está obtendo o php5-dev, o que pode ajudar.