Acontece que o DST (horário de verão) está causando esse problema. Quando eu passar a data do horário de verão 1 da manhã (primeiro domingo de novembro) para o comando date, ele provavelmente aumentará a data em uma hora internamente e deduzirá uma hora para DST. A solução é usar -u (UTC) como sugerido por @ jkan5855.
$ date -d "2017/11/05 01:00:00 1 hour" +"%Y/%m/%d %T" -u