Uma pergunta bastante antiga, mas eu tive o mesmo problema no Loki e encontrei uma solução para ele. Parece ter acontecido quando o sistema teve uma carga pesada na memória (embora eu não tenha certeza). Descobri que as fontes padrão do Pantheon foram alteradas. Foi difícil verificar, já que o terminal gráfico também tinha essas fontes estranhas, então tive que abrir um terminal baseado em texto (Ctrl + Alt + F1). Lá encontrei a fonte padrão:
mikki@mikki-dell:~$ gsettings get org.gnome.desktop.interface font-name
'Redacted Script Regular 9'
mikki@mikki-dell:~$ gsettings get org.gnome.desktop.interface monospace-font-name
'Redacted Script Light 10'
Acontece que estas são fontes de script que são bastante ilegíveis. Eu mudei rapidamente para outra coisa (ele precisa ser inserido no terminal gráfico), como:
mikki@mikki-dell:~$ gsettings set org.gnome.desktop.interface monospace-font-name 'DejaVu Sans Mono'
mikki@mikki-dell:~$ gsettings set org.gnome.desktop.interface font-name 'DejaVu Sans'
As fontes foram alteradas instantaneamente para legíveis. Os aplicativos devem ser reabertos para pegar a nova fonte.