Se o kernel antigo ainda estiver em execução, tudo será carregado lá. Para patches ao vivo, você precisaria de algo como kpatch, ksplice ou kgraft, eu diria.
E para usar diretamente o novo kernel depois de uma atualização 'normal' através das ferramentas do gerenciador de pacotes, você pode querer dar uma olhada no kexec-tools, que fornece ferramentas para substituir seu kernel sem literalmente reinicializar a máquina. (Todos os processos atualmente em execução serão mortos, no entanto.)