Você deve ser capaz de fazer algo usando wmctrl , que interage com um gerenciador de janelas compatível com o EWMH, como Xfce . Da página man
wmctrl -r <WIN> -t <DESK>
Você pode especificar o <WIN> pelo nome do título ou usar :SELECT: e clicar na janela ou usar :ACTIVE: para a janela atual. (Eu não sou capaz de tentar isso no momento.)