Pelo que entendi, a atualização passo a passo é a maneira mais aceita.
O upgrade não está apenas substituindo arquivos antigos por novos, ele também pode conter a conversão da configuração antiga para nova (o script de instalação no rpm pode fazer muitas coisas). Esse processo de atualização testado para alguns cenários de atualização populares e pode depender dos principais componentes do sistema (glibc binutils ...). Não é possível declarar dependências de versão implícitas. A atualização contínua passo a passo é mais suportada e segura.
Pelo menos é melhor atualizar o software de gerenciamento de pacotes (rpm yum dnf) e componentes importantes como binutils ...
UPD.
jogos e outros ... aplicativos não do sistema (LibreOffice, geogebra, * cad, IDE enorme como o Eclipse, ....) seguro para excluir da atualização antes da atualização. Esses aplicativos definitivamente não estão envolvidos no processo de atualização e possíveis problemas com a atualização desses aplicativos podem ser resolvidos manualmente mais tarde.