As áreas de trabalho cobrem todos os monitores. Alguns gerenciadores de janelas têm noções muito flexíveis de espaços de trabalho e permitem que você programe praticamente o que quiser ( Impressionante , Sawfish ), mas até lá eu acho que você teria que escrever algum código para expressar isso em termos de espaços de trabalho.
O que você pode fazer em muitos gerenciadores de janelas é fazer uma janela pegajosa nos espaços de trabalho. Isso significa que a janela aparece na mesma posição em todos os espaços de trabalho. Se você colocar a (s) janela (s) de apresentação no projetor e deixá-la pegajosa, e não colocar nenhuma outra janela nesse monitor em qualquer área de trabalho, você terá o efeito desejado.
Se o seu gerenciador de janelas não tiver uma interface para tornar a janela pegajosa, tente
wmctrl -r 0x123456 -b add sticky
onde 0x123456 é o ID da janela que você pode encontrar com wmctrl -l (procure pela janela na lista) ou xwininfo (clique na janela). Você também pode usar :SELECT: em vez de um número e clicar na janela depois de executar o comando. Mudar o stickyness de fora do gerenciador de janelas pode ou não funcionar dependendo do gerenciador de janelas, não sei o que exatamente faz isso funcionar.