Enquanto no meio de postar essa pergunta, encontrei a resposta haha.
Primeiramente, digitei o seguinte em um terminal:
$ ibus engine
xkb:us::eng
Eu então peguei a lista de mecanismos para encontrar o que eu precisava mudar para (saída cortada para brevidade):
$ ibus list-engine
language: Estonian
xkb:ee::est - Estonian
language: Slovak
xkb:sk:qwerty:slo - Slovak (qwerty)
xkb:sk::slo - Slovak
language: Romanian
xkb:ro::rum - Romanian
language: Japanese
xkb:jp::jpn - Japanese
language: Japanese
anthy - Anthy
Em seguida, selecionei o mecanismo Anthy (que também tem suporte para entrada de inglês, portanto, não preciso continuar trocando mecanismos):
$ ibus engine anthy
Embora não tenha havido saída para esse comando, use os atalhos de teclado incorporados (Ctrl +,) para ir para o próximo método de entrada (por exemplo, hiragana, katakana, inglês, etc.).
EDIT: Eu também encontrei o caminho para trocar entre os motores (EUA para anthy) usando um atalho de teclado. Primeiro, abra as configurações do ibus:
$ ibus-setup
Selecionando a guia Método de entrada, verifique se a caixa de seleção "Personalizar métodos de entrada ativos" está marcada. Então, usando o scrolldown (mostrado com o texto 'Select an input method' para encontrar o método de entrada do Anthy japonês. Então clique no botão 'Add' no lado direito da tela. Isto irá adicionar 'Japanese - Anthy' ao lista de Métodos de Entrada no Ibus Agora, quando você pressiona Ctrl + Espaço , ele irá alternar corretamente entre o mecanismo do método de entrada em inglês e o mecanismo japonês do método de entrada Anthy. fazê-lo através do terminal ainda funciona, isso só permite que seja feito através de um atalho de teclado.