xrandr é seu amigo. Você precisará saber os nomes oficiais das saídas que o Linux suporta para o seu hardware, e "xrandr -q" pode reportá-las.
Aqui está um exemplo de um script que eu escrevi que eu corro quando eu quero mudar para uma configuração de 3-display (isso é muito específico para o meu hardware e layout de exibição, mas você deve ser capaz de se adaptar à sua situação facilmente).
#!/bin/sh
xrandr --output eDP1 --primary --crtc 0 --mode 1920x1080
sleep 1
xrandr --output DP1-2 --crtc 2 --right-of eDP1 --mode 2560x1440
sleep 1
xrandr --output DP1-1 --crtc 1 --right-of DP1-2--mode 2560x1440
A razão pela qual eu não tento fazer tudo de uma só vez, e tenho os sleeps intercalados, é porque meu adaptador gráfico fica confuso se eu tentar configurar muitos crtcs de uma só vez.