A saída (incluindo mensagens de erro) de aplicativos executados diretamente de um menu GUI é geralmente redirecionada para um arquivo. Eu digo “normalmente” porque depende de como ele é configurado pela distribuição e pelos scripts de inicialização da sessão. Sob o Debian e derivados, na maioria dos ambientes de desktop, se não todos, o arquivo é .xsession-errors em seus diretórios home.
Para assistir a saída sendo adicionada a este arquivo, abra um terminal e execute
tail -f ~/.xession-errors
Se este arquivo não existir, procure por arquivos que foram modificados recentemente em seu diretório pessoal:
ls -Altr ~
Se você não conseguir encontrar o arquivo de log da sessão, tente encontrá-lo na documentação do ambiente de área de trabalho. Se você não conseguir encontrá-lo, faça uma pergunta neste site, dizendo qual distribuição e qual ambiente de área de trabalho (ou gerenciador de sessão e gerenciador de janelas) você usa.