Você pode criar algo como /var/empty e usá-lo para todos os seus usuários do sistema ou apenas especificar algo como /dev/null como seu diretório inicial. Eu uso o último para usuários do sistema que apenas executam um binário (geralmente serviço). Se o programa quiser armazenar algo, especifico /srv/app onde app é o nome do programa e faço o diretório para ele.
Se programas como useradd exigirem que você especifique o diretório home, especifique /var/empty e crie o diretório como root: root 0755. Caso contrário, apenas especifique algo inválido, mas com certeza existente, seja um arquivo ou diretório. Também é aconselhável especificar um /bin/false como um shell de login, embora seja fácil substituí-lo.
Ou apenas especifique / . Não importa para onde a PWD apontará, se você quiser que eles não escrevam, estar em / é normal, como em /var/empty , por exemplo.