Você pode usar wget para recuperar e cat para juntar arquivos mp3 juntos.
Por exemplo:
cat *.mp3 > out.mp3
É trivial (e ótimo para aprender) escrever "m3u-para-mp3" em qualquer linguagem de script. Basta abrir o arquivo m3u, percorrer cada linha, recuperar os arquivos (ignorando #comments) e concatená-los com cat.
edit: Há também algumas boas informações sobre como usar o mp3wrap e garantir a ordem correta nas respostas a essa pergunta link