Você geralmente precisará configurar esses atalhos por aplicativo.
Alguns ambientes de desktop (principalmente o KDE) permitem configurar teclas de atalho padrão que se aplicam a todos os aplicativos.
Você pode configurar quais teclas do teclado mapeiam as teclas modificadoras X11 configurando o XKB ou usando a ferramenta de configuração gráfica do ambiente de área de trabalho.