Eu RTFMedi a página man rsync novamente e desta vez encontrei o que parecia ser o Kernel Crucial do Conhecimento:
Note that the
--include/--excludecommand-line options do not allow the full range of rule parsing...
Eu entendi que isso significa que apontar arquivos para excluir / incluir teria o mesmo resultado. Então, eu fiz .rsync-filter arquivos e usei a opção -F . Agora, o rsync percorre toda a hierarquia de diretórios e corresponde aos padrões em meus arquivos .rsync-filter conforme o esperado.
Assim, a solução parece ser usar filtragem, em vez de excluir / incluir, para todos, exceto os casos mais simples.