Depende de qual é a saída do seu xrandr quando ambos os monitores estão conectados. Se for por exemplo algo assim:
$ xrandr
Screen 0: minimum 320 x 200, current 1400 x 1050, maximum 1400 x 1400
VGA disconnected (normal left inverted right x axis y axis)
LVDS connected 1400x1050+0+0 (normal left inverted right x axis y axis) 286mm x 214mm
1400x1050 60.0*+ 50.0
[...]
Em seguida, você pode usar sed
para obter a resolução do seu monitor principal (aqui LVDS) e definir isso para o seu monitor secundário (aqui VGA):
RESOLUTION=$(xrandr | sed -nr 's/LVDS connected ([0-9]+x[0-9]+).*//p')
xrandr --output VGA --mode $RESOLUTION