Eu consertei o problema.
Aqui está a solução para aqueles que podem enfrentar problemas semelhantes:
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pare o akonadi e o kmail
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remova o conteúdo de ~ / .local / share / akonadi / file_db_data
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mova todos os e-mails de ~ / .local / share / .local-mail.directory para um temp_directory
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mova todos os e-mails de ~ / .local / share / local-mail para o mesmo temp_directory
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reinicie o kmail e importe todos os e-mails enquanto remove as duplicatas.