Eu descobri como lidar com esse problema sem alterar as configurações de MIME.
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Vá para a página que possui o link de download
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Supondo que você tenha a opção de link numerado ativada, configure o cursor no link usando o comando "g". Por exemplo, se o link for numerado "[23]", digite "23g" e pressione Enter. Se você digitar apenas 23, o Lynx tentará baixar ou ativar o link. Você não quer fazer isso. Você só quer colocar o cursor no link. Se você não usar links numerados, navegue o cursor até o link da maneira que você normalmente faz.
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Pressione Shift + D, isso fará o download do arquivo vinculado para o diretório atual.