Não, ssh user@server sudo tar cf - / | dd of=server_clone.tar (ou pior ainda, tar cf /everything.tar / e depois copiar o arquivo desativado) provavelmente não será uma maneira eficiente de produzir um "clone" no futuro, embora possa ser uma medida temporária se você está preocupado com hardware prestes a falhar ou com um incidente de segurança.
Alguns problemas:
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/procfornecerá muitos avisos ao tentar percorrê-lo e não poderá ser restaurado de maneira útil -
/vare diretórios iniciais do usuário contêm informações de "cache" que podem ser irrelevantes se você fizer backup e depois restaurá-lo
Como você marcou a pergunta "debian", você tem um gerenciador de pacotes e uma convenção de sistema de arquivos; assumindo que você está usando e seguindo, ajudaria a tirar vantagem disso.
Para obter uma lista de todos os pacotes instalados (salve em um arquivo de texto):
dpkg-query -l | grep '^ii'
Para fazer backup de informações de configuração para referência ( não necessariamente para restaurar textualmente!):
tar cf config_data.tar /etc /root
Para fazer backup de software instalado localmente (e seu código-fonte):
tar cf local_soft.tar /opt /usr/local /usr/src
Para fazer backup dos dados do programa (dependendo exatamente do que você instalou; observe que os bancos de dados talvez precisem ser desligados para estar em um estado consistente; mysqldump ou pg_dump produzirá um backup muito menor, poderá ser compactado, se o banco de dados estiver em execução):
tar cf daemon_data.tar /var/www /srv /var/lib/mysql /var/lib/postgresql
Para fazer backup dos dados do usuário:
tar cf user_data.tar /home
ou talvez
tar cf user_data.tar 'cut -d : -f 6 /etc/passwd'