O xdotool parece ter um bug, Se você não estiver usando o layout de teclado us , e o layout do seu teclado foi definido através de um arquivo de configuração Xorg (não setxkbmap ), ele usará os correspondentes do us layout.
Para resolver isso, basta definir o layout do teclado (novamente) no arquivo .xinitrc ou executar setxkbmap yourlayout antes de usar o xdotool.