Como -r não está disponível, use esta floresta de palito inclinada:
sed 's/"\(-?[[:digit:]]\+\),\([[:digit:]]\{2\}\)"/./g' input.csv > output.csv
sed -r
é uma extensão do GNU. E, infelizmente, a maioria das ferramentas que usam expressões regulares implementam a linguagem de forma ligeiramente diferente (grep / sed, awk, perl, ...)