Você precisará preservar as informações de metadados:
cd chroot && bsdtar cf - . | nice lzop | ssh user@dest '
cd chroot && nice lzop -d | bsdtar --numeric-owner -xpSf -'
(aqui usando lzop
para compactar o fluxo para economizar largura de banda e ser legal na CPU)
Ou:
rsync --verbose --archive --one-file-system \
--xattrs --hard-links --numeric-ids --sparse --acls \
chroot/ user@dest:chroot/