Acho que a melhor maneira de fazer isso seria usar a ação de prompt de comando do tmux.
Com um Byobu em execução (ou tmux ), simplesmente execute:
tmux command-prompt -p "backup finished"
Isto irá imprimir a mensagem, "backup finished", na linha de status, e permanecer lá até que você pressione "enter" para reconhecê-la.
Note que não é específico da janela, mas esse comando pode ser específico da sessão (cliente).
Divulgação completa: Eu sou o autor e mantenedor do Byobu .