Considere usar o rsnapshot, que lhe dá a possibilidade de fazer a rotação de um sistema de arquivos (ou pastas) e manter um número arbitrário de versões.
O Rsnapshot faz o congelamento de todo o sistema de arquivos ou pastas, mas com um pouco de trabalho você pode excluir antigas versões consecutivas sem alterações.
O Rsnapshot usa rsync e possui vários parâmetros para ajuste. Obviamente, ele pode ser inserido em um crontab.