Infelizmente, no XFCE, não é possível deixar o Windows lembrar sua posição.
No seu menu Configurações - > Gerenciador de Janelas Tweaks - > Posicionamento ou apenas digite o comando xfwm4-tweaks-settings
e escolha a opção que preferir: Coloque a janela no centro da tela ou no cursor do mouse.
Sempre que você conseguir uma janela em um local desconfortável, poderá movê-la com o mouse para qualquer lugar, mantendo pressionada a tecla Alt .
A propósito, você também pode tentar a ferramenta de linha de comando wmctrl
que permite alternar espaços de trabalho, mover janelas entre espaços de trabalho, mover posições de janelas, maximizar janelas, etc.