Eu assumi que as linhas da região extraída seguem linhas de CDS para cada alinhamento.
Copie este código para script.pl:
use strict;
use warnings;
my $input = 1;
my @field = ('CDS','extracted region');
my (%data);
my (%counter);
&zero;
while ( <> ) {
## Omit header.
next if $. == 1;
next if $. == 2;
## Remove last '\n'.
chomp;
## Split line in tabs.
my @f = split /\t/;
## Is loop over?
if ( $f[2] =~ /$field[0]/ && $counter{$field[1]} > 1 )
{
&comparing;
&zero;
}
## Count number of $field[0] and $field[1] line
$counter{$f[2]}++;
## Storing data
@{$data{$f[2]}[$counter{$f[2]}]} = @f;
}
&comparing;
sub zero {
$data{$field[0]} = [];
$data{$field[1]} = [];
$counter{$field[0]} = 0;
$counter{$field[1]} = 0;
}
sub comparing {
## Is same line ($field[0] and $field[1])? if ( $input == 1 )
if ( $counter{$field[0]} == $counter{$field[1]} || $input == 2 )
{
&recover;
&stamp;
}
}
sub recover {
my $pos = &input2(0,0) if ( $input == 2 );
for my $i ( 1 .. $#{ $data{$field[0]} } ) {
&input1($i) if ( $input == 1 );
&input2($i,$pos) if ( $input == 2 );
}
}
sub input1 {
#;Extracted interval="376914 -> 377067"
$data{$field[1]}[$_[0]][8] =~ m/;Extracted interval="(\d+) /;
$data{$field[0]}[$_[0]][3] = $1;
$data{$field[1]}[$_[0]][8] =~ m/;Extracted interval="\d+ -> (\d+)"/;
$data{$field[0]}[$_[0]][4] = $1;
}
sub input2 {
if ( $_[0] == 0 )
{
#;Extracted interval="2010140 <- 2024072"
$data{$field[1]}[1][8] =~ m/;Extracted interval="(\d+) /;
$1;
}
else
{
$data{$field[0]}[$_[0]][3] = $_[1] + $data{$field[0]}[$_[0]][3];
$data{$field[0]}[$_[0]][4] = $_[1] + $data{$field[0]}[$_[0]][4];
}
}
sub stamp {
for my $i ( 1 .. $#{ $data{$field[0]} } ) {
for my $j ( 0 .. $#{ $data{$field[0]}[$i] } ) {
print "$data{$field[0]}[$i][$j]\t";
}
print "\n";
}
}
Você pode executar o script perl com input1.txt:
perl script.pl input1.txt > output1.txt
se você modificar a linha:
my $input = 1;
com
my $input = 2;
você pode executar o script perl com input2.txt:
perl script.pl input2.txt > output2.txt
O script Perl também pode receber dois argumentos: arquivo de entrada e tipo [12].
EDITAR
No link , há alguns métodos prestes a obter argumentos.
Se você modificar a linha:
my $input = 1;
com
my $input = 1;
$input = $ARGV[1] if defined $ARGV[1];
você pode executar o script perl com input1.txt:
perl script.pl input1.txt > output1.txt
ou
perl script.pl input1.txt 1 > output1.txt
e você pode executar o script perl com input2.txt:
perl script.pl input2.txt 2 > output2.txt