Vá para a pasta ...
/home/YOUR_USER_NAME/.kde/share/apps/ksysguard/
Eu criei uma pasta e movi os dois arquivos para o caso de causar problemas ainda piores. Quando iniciei o System Monitor, os gráficos apareceram novamente.
Aparentemente, arquivos em seu próprio diretório pessoal podem ser excluídos se você não os criou.